Nadzór nad działalnością merytoryczną – orzecznictwem samorządowych kolegiów odwoławczych – sprawują, zgodnie z art. 34 pkt 3 ustawy wprowadzającej ustawę – Prawo
o ustroju sądów administracyjnych i ustawę – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi
(Dz. U. Nr 153, poz. 1271 ze zm.) – sądy administracyjne.
Z kolei nadzór nad administracyjną działalnością kolegiów wykonuje – na podstawie upoważnienia udzielonego przez Prezesa Rady Ministrów – Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji, a jego zakres został ustalony
w § 2 rozporządzenia Prezesa Rady Ministrów z dnia 8 września 2005 roku w sprawie szczegółowego trybu sprawowania nadzoru nad działalnością administracyjną samorządowych kolegiów odwoławczych
(Dz. U. Nr 175, poz. 1463). Obejmuje on w szczególności:
w § 2 rozporządzenia Prezesa Rady Ministrów z dnia 8 września 2005 roku w sprawie szczegółowego trybu sprawowania nadzoru nad działalnością administracyjną samorządowych kolegiów odwoławczych
(Dz. U. Nr 175, poz. 1463). Obejmuje on w szczególności:
1) przeprowadzanie kontroli organizacji i warunków pracy kolegiów;
2) analizę rocznych informacji o działalności kolegium;
3) rozpatrywanie skarg na pozaorzeczniczą działalność kolegiów;
4) badanie zachowania trybu i wymogów wyłaniania kandydatów na prezesa kolegium;
5) badanie zachowania trybu i wymogów wyłaniania kandydatów na członków kolegium;
6) badanie prawidłowości przeprowadzonego postępowania wyjaśniającego w celu ustalenia
okoliczności faktycznych i prawnych uzasadniających odwołanie prezesa kolegium;
7) badanie prawidłowości przeprowadzonego postępowania wyjaśniającego i postępowania
dyscyplinarnego w celu ustalenia okoliczności faktycznych i prawnych uzasadniających
ukaranie członka kolegium.